As I started this thread I thought I should update it with a couple of paragraphs from two cantonal web sites. They're in Frensh but I did some translations. Looks like the canton at the end of year is what really counts everwhere in Switzerland, going by this and other contributions.
VAUD
http://www.vd.ch/fr/themes/etat-droi...ger-de-canton/
French version
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La taxation s'effectue dans le canton où le contribuable a son domicile à la fin de la période de taxation. Cela signifie qu'une personne ayant déménagé d'un canton A à un canton B durant l'année sera taxée (impôt cantonal, communal et impôt fédéral direct) sur toute l'année à son nouveau domicile et ne devra donc pas d'impôt au canton qu'elle a quitté. Si le contribuable a déjà payé une partie de ses impôts à son ancien canton, ils seront remboursés...
My Translation
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Taxation is based on the canton where the person has their residence at the end of the tax period. This indicates that a person having moved from canton A to canton B during the year will be taxed (cantonal, community and federal taxes) for the whole year at their new residence and not for the canton which they have left. If the person has already paid taxes in their old canton then they will be re-imboursed...
BERNE
http://www.fin.be.ch/site/fr/sv-natu...n-spez-schweiz
French version
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Si vous avez emménagé dans le canton de Berne au cours de l'année passée et que vous y étiez domicilié-e au 31 décembre, vous êtes assujetti-e à l'impôt de manière illimitée dans notre canton pour l'année fiscale entière. Dans votre déclaration d'impôt, vous indiquerez le revenu que vous avez réalisé durant toute l'année, ainsi que l'état de votre fortune au 31 décembre de l'année fiscale considérée. Dans le canton de Berne, vous pouvez demander le remboursement de l’impôt anticipé en déposant votre déclaration d’impôt.
Si vous quittez le canton de Berne pour un autre canton en cours d'année, vous êtes assujetti-e à l'impôt dans votre canton d'accueil pour l'année
entière. Si vous avez déjà réglé des tranches d'impôt dans le canton de Berne, elles vous seront remboursées.
My Translation
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If you have moved to the canton of Berne during the previous year and were resident there on the 31st of December then you are subject to taxation in our canton for the whole fiscal year. In you tax declaration you should indicate the revenue that you have earned throughout the whole year as well as the status of your fortune on the 31st of December of the fiscal year under consideration. In the canton of Berne you can ask for re-imboursement of the anticipated tax when making your tax declaration.
If you leave the canton of Berne for another canton during the year then you will be subject to taxation in the new canton the the whole year. If you have already paid tax in the canton of Berne then they shall be re-imboursed.